電子申請により登記申請をし、登録免許税を納付情報により納付するとき、いわゆるオンライン納付するときは登記機関から得た納付情報により納付します。登録免許税法第二十四条の二、登録免許税法施行規則第二十三条の定めによります。

なお、この場合は「登録免許税納付用紙」は提出する必要がありません。登録免許税法第二十四条の二第三項は「第二十一条（現金納付）から前条（第二十二条印紙納付、第二十三条嘱託登記等の場合の納付）までの規定により国に納付するときは」と定めており、オンライン納付については定めがないからです。不動産登記事務取扱手続準則別記第八十九号様式には「本紙は、電子申請により登記の申請をした場合において、登録免許税を領収証書又は収入印紙により納付するときに使用するものです」との記載があります。