共有物分割による移転登記の課税標準については、登録免許税法ではなく、登録免許税法施行令第9条に規定がおかれています。しばらくぶりに参照すると、つい、登録免許税法で条文を探してしまいそうになります。

登録免許税法施行令
（共有物の分割による移転登記等の場合の課税標準）
第九条　共有物である土地の所有権の移転の登記において法第十七条第一項又は別表第一第一号（二）ロ若しくは（十二）ロ（２）の規定の適用がある場合におけるその共有物について有していた所有権の持分に応じた価額に対応する部分は、当該共有物の分割による所有権の持分の移転の登記に係る土地（以下この項において「対象土地」という。）につき当該登記（以下この項において「対象登記」という。）の直前に分筆による登記事項の変更の登記（以下この項において「分筆登記」という。）がされている場合であつて当該対象登記が当該分筆登記に係る他の土地の全部又は一部の所有権の持分の移転の登記（当該共有物の分割によるものに限る。以下この項において「他の持分移転登記」という。）と同時に申請されたときの当該対象土地の所有権の持分の移転に係る土地の価額のうち当該他の持分移転登記において減少する当該他の土地の所有権の持分の価額に応じた当該対象土地の持分の価額に対応する部分とする。
２　前項の規定は、共有物である建物の所有権又は共有に係る地上権、永小作権、賃借権若しくは採石権の分割の登記を行う場合について準用する。